Dessiné par Gilles Clément, le jardin fait partie intégrante du musée : jardin buissonnant, abrité de la rumeur du quai par une haute palissade de verre, il s’étend sur 18 000 m² et donne au flâneur (visiteur du musée, habitant du quartier, promeneur) une impression de foisonnement.

Lieu de nature et de culture, le jardin est une « invitation au voyage » : sentiers, petites collines, chemins dallés de pierre de torrent, bassins propices à la méditation et à la rêverie…

169 arbres et une trentaine d’espèces végétales sont ici rassemblés : chênes et érables côté nord, magnolias et cerisiers côté sud.

Grâce à la construction sur pilotis, le jardin passe sous le musée dont le ventre est planté de graminées de sous-bois : c’est ici que le visiteur du musée trouvera les guichets de la billetterie, à l’extérieur.

Le jardin enclôt également un théâtre de verdure dont la programmation propose spectacles, conférences et concerts de plein air.