L’établissement public est administré par un conseil d’administration qui comprend :

Stéphane Martin, Président de l'établissement public du musée du quai Branly

membres du Parlement 

Christian Kert, Député des Bouches du Rhône 

Françoise Cartron, Sénatrice de la Gironde

représentants de collectivités territoriales

Patrick Bloche, représentant de la ville de Paris

Bastien François, représentant de la région Île-de-France

membres de droit

Simone Bonnafous ou son représentant, Directrice générale pour l'enseignement supérieur et l’insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur

Éric Bernet, représentant du Directeur général pour la recherche et l'innovation au ministère chargé de la recherche

Vincent Berjot ou son représentant, Directeur général des patrimoines au ministère chargé de la Culture 

Jean-François Collin ou son représentant, Secrétaire général au ministère chargé de la culture

Julien Dubertret ou son représentant, Directeur du budget au ministère chargé du budget 

Jean-Baptiste Mattei ou son représentant, Directeur général de la mondialisation, du développement et des partenariats au ministère des Affaires Etrangères 

Irina Bokova ou son représentant, Directrice générale de l'Organisation des Nations Unies pour l'éducation, la science et la culture 

Quatre personnalités qualifiées 

Ces membres sont nommées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et de la culture en date du 16 décembre 2012 :

Francine Mariani-Ducray, conseiller d’Etat

Anne Douaoui, donatrice du musée du quai Branly

Louis Schweitzer, président de la société des amis du musée du quai Branly

Yves Coppens, universitaire, membre de l’Institut

Trois représentants du personnel

Élus pour une durée de trois ans, selon des modalités fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de l’enseignement supérieur, de la recherche et de la culture, ou leurs suppléants :

Christophe Even (titulaire), Karine Coubret-Busset (suppléante)

Gaëlle Beaujean-Baltzer (titulaire), Christine Maine (suppléante)

Charlotte Brès (titulaire), Carine Peltier (suppléante)

assistent aux séances du Conseil d'administration avec voix consultative

Karim Mouttalib, Directeur général délégué 

Yves Le Fur, Directeur du département du patrimoine et des collections 

Anne-Christine Taylor, Directrice du département de la recherche et de l'enseignement 

Thierry Pellé, Contrôleur général économique et financier 

Dominique Arrighi, Agent comptable